В 1139 секции от предвидените 3000 не е имало правилно отчитане на преференциите от машинното гласуване, отчита докладът за европейските избори от Института за развитие на публичната среда. Докладът посочва, че грешките в изборните книжа са 4773, а в 1929 са открити несъответствия.

Според Ива Лазарова липсващите преференции не могат да разместят кандидатите, които отиват в ЕП. Проблемите са свързани с технически грешки и никакво или частично пренасяне на преференциите от протоколите от машинния вот в окончателния протокол. Лазарова посочи като причини за неточностите умората на членовете в СИК и недобрата им подготовка.

В 160 секции нито един избирател не се е възползвал от възможността да гласува с машина. Подобен подход обаче са избрали общо 159 339 души, а в 309 секции гласувалите на машина са повече от тези с хартиена бюлетина.

Най-много преференции са използвани в районите на Враца и Монтана – по 40% от избирателите са отбелязали предпочитание, както и в 23 избирателен район в София – 37%, а най-малко в Търговище и Разград – съответно 10,1 и 12,8%.

От Института за развитие на публичната среда също като БСП препоръчват актуализация на избирателните списъци, тъй като според сегашните избирателите в страната са 6 288 656, а по данни на НСИ към края на 2018 г. населението в страната е 7 млн. души, от които 5 679 647 на възраст над 20 г.